Localizado em prédio federal e tombado pelo Patrimônio Histórico e Artístico Nacional em 1966, o espaço que hoje pertence ao Mercado Modelo já abrigou a Casa da Alfândega. Inaugurado em 1912, o centro de abastecimento da capital baiana foi instalado no local após um incêndio de 1969 destruir o primeiro prédio. Outro incêndio, em 1984, viria a causar danos à estrutura.

O mercado possui 262 boxes divididos em dois andares, caixas eletrônicos, posto de informações e da polícia turística e agência dos Correios, entre outros serviços. Reprodução das formas neoclássicas consagradas da segunda metade do século 19, o prédio possui planta quadrada e uma construção circular ao fundo, que antes servia para atracamento dos navios.