Ainda sem saber quem é e com poucas informações sobre o seu passado, Jason Bourne continua sua busca para descobrir estas pistas e sobreviver aos constantes ataques que sofre. Quando um jornalista inglês passa a publicar informações a seu respeito, o agente misterioso vai até ele para tentar saber mais dados, mas a CIA já estava no encalço do repórter, que acaba sendo morto por saber demais. Antes, ele irá fornecer um nome que pode ajudar Bourne a solucionar suas dúvidas: de um dos oficiais responsáveis pelo projeto que lhe tirou a memória.

O projeto Treadstone não existe e foi substituído por um muito mais audacioso, o Blackbriar, que tem nas ruas um exército de assassinos treinados da mesma forma que Bourne foi. O grupo é comandado por Noah Vosen, que não tem remorso algum para atingir seu objetivo. Desta forma, Jason Bourne irá conseguir a valorosa ajuda de Pamela Landy e de Nicky Parsons, agentes da CIA que o perseguiram anteriormente. Assim, ele poderá voltar ao passado e saber mais sobre quem ele realmente é e quem ele já foi algum dia.

O Ultimato Bourne fecha a trilogia sobre o agente desmemoriado escrita por Robert Ludlum. Assim como A Supremacia Bourne, este é dirigido por Peter Greengrass, de Vôo 93. Segundo o diretor, os dois primeiros filmes foram baseados em perguntas e o terceiro é em respostas. Apesar da trilogia se completar com O Ultimato Bourne, há planos de se fazer mais um filme da série, porém não seria baseado em livro de Lundlum, que concluiu os três já filmados e não voltou mais ao personagem.