Stigmata é um suspense sobrenatural sobre o bem, o mal e a fé.

Na trama, Frankie Paige (Patricia Arquette) é uma cabeleireira que não tem nenhuma convicção religiosa até que coisas estranhas começam a acontecer com ela. Frankie começa a ser atacada por forças desconhecidas e desenvolve estigmas iguais às que Cristo sofreu no calvário.

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Ao tomar conhecimento, o Vaticano envia o padre Andrew Kierman (Gabriel Byrne) para investigar Frankie e sua condição. Após conhecê-la, padre Andrews se preocupa mais pela vida da garota do que em investigar se o caso é um milagre legítimo ou não.