A animação apresenta a história de um garoto japonês que embarca em uma grande missão para salvar sua família e o legado de seu falecido pai, o maior samurai que o mundo já conheceu. Inteligente e bondoso, Kubo passa a maior parte do tempo cuidando de sua mãe viúva e ganha a vida contando histórias. Certo dia, sua vida calma é interrompida quando ele acidentalmente invoca um espírito de seu passado que volta à procura de uma antiga vingança. Em fuga, o protagonista reúne forças ao lado de dois amigos e sai em uma emocionante busca para salvar sua família e resolver o mistério da morte de seu pai.