Quando o pai da princesa Fiona morre, Shrek deve assumir o reinado de Tão Tão Distante, mas logo percebe que não leva o menor jeito para a tarefa. Além disso, não tem a mínima vontade de trocar seu sujo e fedorento pântano por uma vida de luxo no palácio. Sabendo que existe um único herdeiro ao trono além dele, o ogro sai em busca do desajustado Arthur, junto com seus amigos, o Burro e o Gato de Botas. O que eles não sabem, porém, é que enquanto estão fora, o Príncipe Encantado reúne todos os injustiçados vilões e decide reescrever a história, com um final feliz para eles.

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Agora, além de precisar convencer o jovem Arthur, que é ridicularizado no colégio por Lancelotti e esnobado pela sua amada Guinevere, o monstro verde deverá livrar o reino dos terríveis vilões, quando retornar. Para isso, entretanto, ele contará com a ajuda de Merlin, um mago estressado e atrapalhado. Enquanto Shrek não volta, Fiona e suas amigas Branca de Neve, Bela Adormecida, Cinderela e Doris farão de tudo para atrapalhar os planos de Encantado. Não será tão fácil, mas a princesa ogra terá um motivo a mais para lutar, está esperando pequenos ogrinhos.

Assim como nos dois outros filmes, em Shrek Terceiro vários membros da equipe participaram das dublagens dos personagens. O diretor Chris Miller fez a voz do Mestre dos Brinquedos. Já Conrad Vernon, que dirigiu o segundo filme, dublou o Homem-Biscoito e o Cavaleiro Sem Cabeça. A novidade maior na dublagem original foi Justin Timberlake, como Arthur. Na versão brasileira, foi a ausência de Bussunda, que foi substituído pelo dublador profissional Mauro Ramos. Não foi só Fiona que teve bebês durante Shrek Terceiro: dos 350 profissionais da equipe, 28 tiveram filhos durante a produção do filme.